El Sistema de Tratamiento Terciario pode ser aplicado de dos formas:

 Clarificación: El efluente es conducido para lagunas de estabilización en serie para remoción de cargas que no hayan sido removidas en los procesos de tratamiento anteriores, después de la clarificación final el efluente alcanza la calidad requerida por los estándares de lanzamiento.

Reutilización: El efluente pasa por el proceso físico y químico de Flotación para remoción de cargas restantes y posterior filtro de arena, carbón y cloración para remoción de organismos patogénicos.